El Consejo Superior es el máximo organismo de la Universidad, integrado por un presidente, miembros que representan a los países de la Comunidad Andina, los rectores de las sedes, el rector de la Universidad de San Francisco Xavier de Chuquisaca y representantes de los docentes electos por la sede central y las sedes nacionales.
| CONSEJO SUPERIOR | ||
| Rubén Vélez Núñez | Presidente | |
| José Luis Gutiérrez Sardán | Rector Sede Central | |
| Jaime Breilh | Rector de la Sede Ecuador | |
| Héctor Arce Zaconeta | Miembro por Bolivia | |
| Consuelo Ahumada Beltrán | Miembro por Colombia | |
| Gustavo Jalkh | Miembro por Ecuador | |
| Manuel Burga Díaz | Miembro por Perú | |
| Walter Arízaga | Delegado del Rector de la Universidad | |
| Bernardo Wayar Caballero | Representante de los docentes | |
| Fernando Balseca | Representante de los docentes | |
